Preview

Фитосанитария. Карантин растений

Расширенный поиск

Разработка новых ПЦР- тестов для диагностики возбудителя черного бактериоза зерновых культур Xanthomonas translucens

Полный текст:

Аннотация

С целью разработки ПЦР-тестов, позволяющих идентифицировать значимый для экспорта российской зерновой продукции фитопатоген Xanthomonas translucens, был произведен поиск подходящей ПЦР-мишени. В результате биоинформатического анализа аннотированных белков, соответствующих кодирующим последовательностям 10 геномных сборок целевой бактерии – Xanthomonas translucens – и 161 геномной сборки 25 других видов бактерий рода Xanthomonas, загруженным из NCBI GenBank в марте 2020 г., обнаружили 6 участков генома, специфичных для Xanthomonas translucens и подходящих для использования в качестве ПЦР-мишени. Нуклеотидные последовательности этих генов использовали для разработки праймеров. Для найденных последовательностей разработано 12 пар праймеров  – 1F8/1R8, 1F10/1R10, 2F6/2R6, 3F3/3R3, 3F5/3R5, 3F9/3R9, 4F1/4R1, 4F3/4R3, 5F3/5R3, 5F6/5R6, 6F6/6R6 и  6F10/6R10, видоспецифичность которых в  ходе исследования апробирована с  35 штаммами бактерий рода Xanthomonas, включая Xanthomonas translucens. Анализ результатов проведенной ПЦР и выравнивания полученных нуклеотидных последовательностей продуктов ПЦР с  помощью алгоритма BLAST на базе NCBI показал, что пары праймеров 1F8/1R8, 1F10/1R10, 4F1/4R1, 5F6/5R6 и 6F10/6R10 являются пригодными для их применения в диагностике возбудителя черного бактериоза зерновых культур Xanthomonas translucens. Новые ПЦР-тесты могут стать частью решения проблемы установления фитосанитарного состояния партий российской продукции зерна, а  также позволят проводить обследование территорий Российской Федерации и досмотр партий подкарантинной продукции.

Об авторах

О. Ю. Словарева
ФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»)
Россия

Словарева Ольга Юрьевна, младший научный сотрудник лаборатории бактериологии и анализа ГМО ИЛЦ ФГБУ «ВНИИКР»

р. п. Быково, г. Раменское, Московская область



Е. В. Старикова
ФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»); ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства» (ФГБУ «ФНКЦ ФХМ ФМБА России»)
Россия

Старикова Елизавета Валентиновна, младший научный сотрудник лаборатории биоинформатики; агроном лаборатории вирусологии ИЛЦ

р. п. Быково, г. Раменское, Московская область

г. Москва



М. Муфаро
ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов» (ФГАОУ ВО «РУДН»)
Россия

Мувинги Муфаро, аспирант

г. Москва



Список литературы

1. Каменева С., 2018. Статистическое исследование потребления продуктов питания населением разных стран. – Экономические исследования и разработки, № 6: 30–44.

2. Ledman K., Curland R., Ishimaru C., DillMacky R., 2020. Xanthomonas translucens pv. undulosa identified on common weedy grasses in naturally infected wheat fields in Minnesota. – Phytopathology. DOI: 10.1094/PHYTO-08-20-0337-R.

3. Sapkota S., Mergoum M., Liu Z., 2020. The translucens group of Xanthomonas translucens: Complicated and important pathogens causing bacterial leaf streak on cereals. – Mol Plant Pathol., 21 (3): 291–302. DOI: 10.1111/mpp.12909.

4. Sharma A., Sharma D., Verma S., 2019. Zinc binding proteome of a phytopathogen Xanthomonas translucens pv. undulosa. – Royal Society Open Science, 6 (9): 190369. DOI: 10.1098/rsos.190369.

5. Slovareva O., 2020. Detection and identification of pathogens of bacterial diseases of wheat and barley in the Russian Federation. – MIR J, Vol. 7 (1): 13–23. DOI: 10.18527/2500-2236-2020-7-1-13-23.

6. Развитие российского экспорта. Российский экспортный центр. – URL: https://www.exportcenter.ru/international_markets/russian_exports/?sphrase_id=116943 (дата обращения: 04.02.2021).

7. Федеральная служба государственной статистики. – URL: https://rosstat.gov.ru (дата обращения: 03.03. 2021).

8. Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор). – Ввоз. Вывоз. Транзит. Египет: Карантинные фитосанитарные требования к продукции растительного происхождения. – URL: http://portal.fsvps.ru/sites/fsvps/documents/1485966741302_phyto_requerements_egypt.pdf (дата обращения: 08.04.2021).

9. Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор). – Ввоз. Вывоз. Транзит. Список карантинных вредитилей Нигерии. – URL: http://portal.fsvps.ru/sites/fsvps/documents/1485966841778_phyto_vred_nigeria.pdf (дата обращения: 08.04.2021).

10. European and Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO) Global database. – URL: https://gd.eppo.int (дата обращения: 01.03.2021).

11. NCBI. Basic Local Alignment Search Tool: Nucleotide. – URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ (дата обращения: 12.04.2021).

12. NCBI. Basic Local Alignment Search Tool. – URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast (дата обращения: 07.03.2021).

13. Hall T., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic acids symposium series, 41 (41): 95–98.


Для цитирования:


Словарева О.Ю., Старикова Е.В., Муфаро М. Разработка новых ПЦР- тестов для диагностики возбудителя черного бактериоза зерновых культур Xanthomonas translucens. Фитосанитария. Карантин растений. 2021;(2):37-49.

For citation:


Slovareva O., Starikova E., Muvingi M. Development of new PCR tests for diagnostics of the agent of bacterial leaf streak of wheat Xanthomonas translucens. Plant Health and Quarantine. 2021;(2):37-49.

Просмотров: 27


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.