Характеристика штамма VNIIKR-B-0035 Erwinia rhapontici, выделенного из ячменя обыкновенного (Hordeum vulgare L.

Erwinia rhapontici (Millard 1924) Burkholder 1948 – это фитопатогенная бактерия, вызываю- щая розовый бактериоз зерна у зерновых и зернобобовых культур, а также различные виды гнилей и другие симптомы у широкого перечня ценных сельскохозяйственных растений, и для полного понимания патогенного потенциала этой бактерии необходимо детально изучить максимально возможное число штаммов. Целью данной работы является создание комплексной характеристики бактериального штамма VNIIKRB-0035 E. rhapontici, выделенного из ячменя обыкновенного озимого (Hordeum vulgare L.), происхождение – Республика Крым. В работе представлены его морфологические свойства, которые были изучены с помощью микроскопии клеток, а также фотографии колоний бактериальных культур на питательной среде R2A. Клетки данного штамма палочковидной формы, их размер 0,8–1,5 мкм в длину, 0,2–0,4 мкм в ширину. Бактериальные колонии штамма VNIIKR-B-0035 на среде R2A – беловатого цвета, слизистые, однородные, имеют круглую выпуклую форму, гладкую и блестящую поверхность, непрозрачны, а выработка водорастворимых пигментов отсутствует. Биохимические особенности были изучены набором для идентификации Enterobacteriaceae и физиологических сходных бактерий API 20E (Biomerieux, Франция). Бактерии этого штамма способны сбраживать многие виды сахаров, восстанавливают нитриты, не продуцируют аргининдигидролазу, лизиндекарбоксилазу, орнитиндекарбоксилазу, уреазу, индол, ацетоин, желатиназу и HS, а также не 2 способны утилизировать цитраты. Молекулярно- генетическая характеристика проведена с использованием четырех ПЦР-тестов на различные гены, специфичных для данной фитопатогенной бактерии. Штамм VNIIKR-B-0035 идентифицирован с использованием ПЦР-тестов с праймерами TSU01/TSU02, ERH-1A/ERH-1B и isoRF/isoRR, а также путем секвенирования участка гена rpoD. Это первая молекулярно-генетическая иденти- фикация E. rhapontici в России. Эта работа подтвердила, что ячмень обыкновенный (Hordeum vulgare L.) может служить источником изоляции E. rhapontici.

1. Белкин Д.Л., Бондаренко Г.Н., Яремко А.Б., Уварова Д.А. Метод секвенирования в видовой идентификации карантинных вредных организмов // Карантин растений. Наука и практика. 2019. Т. 28. № 2. С. 31–34.

2. Мазурин Е.С., Копина М.Б., Шероколава Н.А. Контроль достоверности результатов фитосанитарной экспертизы при использовании молекулярных методов диагностики // Вестник РУДН. Серия: Агрономия и животноводство. 2012. № 3. С. 31–37.

3. Никитинский Д.А., Никитинская Е.В. Молекулярно-генетические методы, применяемые для детекции карантинных объектов. Инновации, вызовы и перспективы. Фитосанитария. Карантин растений. 2025;(3):85-107. https://doi.org/10.69536/FKR.2025.67.86.006.

4. Dutrecq A., Debras P., Stevaux J., Klaessens D. Estimation of bacterial flora on scalded wheat heads // Parasitica. 1990. T. 2-3. No. 46. P. 69–84.

5. Gehring I., Geider K. Identification of Erwinia species isolated from apples and pears by differential PCR. // Journal of Microbiological Methods. 2012. Vol. 89. No. 1. P. 57–62. doi: 10.1016/j.mimet.2012.01.018.

6. Genebank project, NARO. Details of microorganism genetic resources. Details of MAFF 150529. URL: ttps://w w w.gene.affrc.go.jp/databasesmi crosearch_detail_en.php?maff=150529.

7. Huang H. C., Erickson R. S., Hsieh T. F. Lack of host specificity of strains of Erwinia rhapontici, causal agent of pink seed of pulse and cereal crops // Botanical Studies. 2007. Vol. 48. No. 2. P. 181–186.

8. Kahala M., Blasco L., Joutsjoki V. Molecular characterization of spoilage bacteria as a means to observe the microbiological quality of carrot // Journal of Food Protection. 2012. Vol. 75. No. 3. P. 523–532. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-11-185.

9. Kotan R., Sahin F., Ala A. Identification and pathogenicity of bacteria isolated from pome fruit trees in the Eastern Anatolia region of Turkey // Journal of Plant Diseases and Protection. 2006. Vol. 113. No. 1. P. 8–13.

10. Muvingi M., Slovareva O.Y., Yaremko A.B., Zargar M., Lyashko, M., Pakina E., Vvedenskiy V. Variations of the Bacterial Community in Wheat (Triticum aestivum), Oats (Avena sativa L.), Barley (Hordeum vulgare L.) and Triticale (Triticosecale) from Three Regions of the Republic of Crimea // Preprints. 2023. doi: 10.20944/preprints202307.1559.v1.

11. Naas T., Aubert D., Vimont S., Nordmann P. Identification of a chromosome-borne class C betalactamase from Erwinia rhapontici // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2004. Vol. 54. No. 5. P. 932–935. doi: 10.1093/jac/dkh446.

12. Ramírez-Rojas S., Osuna-Canizalez F.J., García-Pérez F., Canul-Ku J., Palacios-Talavera A., Hernández-Romano J., Ornelas-Ocampo K., Landa-Salgado P. Molecular identification of bacteria associated to ornamental plants obtained in vitro // Revista Mexicana de Fitopatología. 2016. Vol. 34. No. 2. P. 173–183. doi: 10.18781/R.MEX.FIT.1511-3.

13. Reasoner D.J., Geldreich E.E., 1985. A new medium for the enumeration and subculture of bacteria from potable water. Applied and Environmental Microbiology. 1985. Vol. 49. No. 1. P. 1–7. doi: 10.1128/aem.49.1.1-7.1985.

14. Schober I., Koblitz J., Carbasse J.S., Ebeling C., Schmidt M.L., Podstawka A., Gupta R., Ilangovan V., Chamanara J., Overmann J., Reimer L.C., BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data, Nucleic Acids Research, 2025. Vol. 53. Issue D1. P. D748–D756. doi: 10.1093/nar/gkae959.

15. Thapa S. P. Cho S. Y., Hur J. H., Lim C. K. Phenotypic and genetic characterization of Erwinia rhapontici isolated from diseased Asian pear fruit trees // Phytoparasitica. 2012. Vol. 40. No. 5. P. 507-514. doi: 10.1007/s12600-012-0251-3.

16. Tharreau D., Gaignard J. L., Luisetti J., Gibbon C. B. Presence d'une microflore bacterienne abondante et variee a la surface de trois plantes aromatiques et medicinales. Herba Gallica., 1992. No. 2. 79–89.

17. Tsuji M., Kadota I., Takikawa Y. Genetic and phenotypic characterization of bacterial strains isolated in Japan that resemble Erwinia rhapontici and E. persicinus // Journal of General Plant Pathoogy. 2020. Vol. 86. No. 1. P. 24–33. doi: 10.1007/s10327-019-00873-7.