Апробация метода ПЦР для видовой идентификации рисовой листовой нематоды Aphelenchoides besseyi Christie, 1942

Статья посвящена Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 – рисовой листовой нематоде. Она распространена во многих странах мира, возделывающих рис. В настоящее время она исключена из Единого перечня карантинных объектов Евразийского экономического союза, однако является регулируемой рядом стран – импортеров российской продукции.
Вредитель является полифагом и поражает большой круг растений. В странах Европейской и Средиземноморской организации по карантину и защите растений (ЕОКЗР) основными растениями-хозяевами, которые подвергаются наибольшему риску заражения нематодой A. besseyi, являются рис и клубника (PM 7/39 (1), 2004). Поскольку рис является важным продуктом питания, по посевным площадям и валовым сборам зерна он занимает в мировом земледелии второе (после пшеницы) место.
В статье обобщена и проанализирована научная информация по географическому распространению, вредоносности рисовой листовой нематоды A. besseyi, ее биоэкологическим особенностям, методу морфологической диагностики. Изучены методы молекулярно-генетической идентификации рисовой листовой нематоды A. besseyi, применяемые в зарубежных исследованиях. При проведении наших исследований использовали нематод, собранных во время экспедиций на Дальний Восток (Приморский край, Ханкайский район) и в Краснодарский край Российской Федерации. Проведена видовая идентификация нематод по морфологическим признакам в соответствии с методическими рекомендациями по выявлению и идентификации рисовой нематоды Aphelenchoides besseyi Christie (МР ВНИИКР № 89-2016). Для лабораторного исследования используют как морфологические, так и молекулярные методы. Разработка и применение современных методов диагностики в области карантина растений являются актуальными для выявления и идентификации рисовой листовой нематоды A. besseyi.
Проведено исследование с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием смесей для амплификации коммерческого производства 5x MasDDTaq MIX-2025 и 5x MasORTaq MIX-2025 ЗАО «Диалат Лтд.» (Россия), а также 5х ScreenMix, 5х ScreenMix-HS и 5х ScreenMix-HS (UDG) ЗАО «Евроген» (Россия).

1. Буторина Н., Зиновьева С., Кулинич О. и др. Прикладная нематология. – М.: Наука, 2006, 350 с.

2. Вредные организмы, имеющие карантинное значение для Европы. – М.: Колос, 1996, с. 316–319.

3. Деккер Х. Нематоды растений и борьба с ними. – М.: Колос, 1972, 444 с.

4. Кирьянова Е., Кралль Э. Паразитические нематоды растений и меры борьбы с ними. – Л.: Наука, 1971, Т. 2, 522 с.

5. Костылев П. Сорные растения, болезни и вредители рисовых агроценозов юга России. – М.: Печатный город, 2011, 368 с.

6. Попова М., 2001. Влияние хитозана и тиабендазола на продуктивность риса и зараженность рисовой листовой нематодой. – Труды Всероссийского ин-та гельминтологии им. К. И. Скрябина, Т. 37: 116–123.

7. Попова М., 2004. Методические рекомендации: Афеленхоидоз риса и эпифитотиологические основы борьбы с ним. – Труды Всероссийского ин-та гельминтологии им. К.И. Скрябина, Т. 40: 461–497.

8. Фитопаразитические нематоды России. Под ред. С. Зиновьевой, В. Чижова. – М.: Товарищество научных изданий КМК, 2012, с. 159–161.

9. Харченко Е., Рубан М., 2015. Афеленхоидоз риса и меры борьбы с ним. – Рисоводство, № 1–2 (26–27): 28–32.

10. Шестиперов А., Савотиков Ю. Карантинные фитогельминтозы. Кн. 1. – М.: Колос, 1995, 463 с.

11. PM 7/39 (1) Aphelenchoides besseyi, 2004. – Bulletin OEPP/EPPO Bulletin, 34: 155–157.

12. Brown D., Dalmasso A., Trudgill D., 1993. Nematode pests of soft fruits and vines. – Plant parasitic nematodes in temperate agriculture, 427–462; 138 ref.

13. Oliveira C.J., Subbotin S., Álvarez-Ortega S., Desaeger J., Brito J.A., K.V. Xavier, L.G. Freitas, S. Vau, Inserra R.N., 2019. Morphological and Molecular Identification of Two Florida Populations of Foliar Nematodes (Aphelenchoides spp.) Isolated From Strawberry With the Description of Aphelenchoides pseudogoodeyi sp. n. (Nematoda: Aphelenchoididae) and Notes on Their Bionomics. – Plant Disease, 103 (11): 2825–2842. URL: https://doi.org/10.1094/PDIS-04-19-0752-RE.

14. Buonicontro D., Roberts D., Oliveira C., Blok V., Neilson R., D’arc De Lima Oliveira R., 2017. A Rapid Diagnostic for Detection of Aphelenchoides besseyi and A. fujianensis Based on Real-Time PCR. – Plant Disease. URL: https://doi.org/10.1094/PDIS-08-17-1160-RE.

15. Desaeger J., Noling J., 2017. Foliar or Bud Nematodes in Florida Strawberries. – University of Florida, IFAS Extension Publication ENY-068.

16. Giudici M., Callegarin A. Pest risk analysis. Ente Nazionale Risi – Rice Research Centre – Italy. January 2005. Ente Nazionale Risi – Rice Research Centre – Italy. 04/10795 P PM Point 6.2.3.

17. Rybarczyk-Mydłowska K., Mooyman P., van Megen H., van den Elsen S., Vervoort M., Veenhuizen P., van Doorn J., Dees R., Karssen G., Bakker J., Helder J., 2012. Small subunit ribosomal DNA-based phylogenetic analysis of foliar nematodes (Aphelenchoides spp.) and their quantitative detection in complex DNA backgrounds. – Phytopathology, 102 (12): 1153–1160. URL: https://doi.org/10.1094/PHYTO-05-12-0114-R.

18. Sánchez-Monge A., Flores L., Salazar L., Hockland S., Bert W., 2015. An updated list of the plants associated with plant-parasitic Aphelenchoides (Nematoda: Aphelenchoididae) and its implications for plant-parasitism within this genus. – Zootaxa, 4013 (2): 207–224.

19. Sivakumar C., 1987. Post-embryonic development of Aphelenchoides besseyi in vitro and its longevity in stored rice seeds. – Indian Journal of Nematology, 17 (1): 147–148; 1 ref.

20. Valcheva S., Samaliev H., Kostova M. Distribution and Molecular Identification of Rice White Tip Nematode Aphelenchoides besseyi in Rice Growing Areas in Bulgaria. ISSN 1314-6246, 2017.

21. Zhang A., Bin S., Zhang J., Cheng C., Zhou J., Fuan N., Luo Z., Yu L., Yu C., Dai Y., Xie K., Hu Qi., Qiu Y., Cao L., Chu H. 2022. CRISPR/Cas12a Coupled With Recombinase Polymerase Amplification For Sensitive And Specific Detection Of Aphelenchoides besseyi. – Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 10: 912959. URL: https://doi.org/10.3389/fbioe.2022.912959.

22. Глобальная база данных ЕОКЗР [Электронный ресурс]. URL: https://gd.eppo.int/taxon/APLOBE (дата обращения: 11.08.2022).

23. Федеральная таможенная служба [Электронный ресурс]. – URL: http://stat.customs.gov.ru/ analysis (дата обращения: 13.08.2022).

24. Научно-производственная компания «Синтол» [Электронный ресурс]. – URL: https://www.syntol.ru (дата обращения: 11.05.2022).

25. Российская биотехнологическая компания «Евроген» [Электронный ресурс]. – URL: http://evrogen.ru (дата обращения: 11.05.2022).

26. ООО «АгроДиагностика». Разработка систем диагностики и детекции инфекционных заболеваний сельскохозяйственной продукции [Электронный ресурс]. – URL: https://agrodiagnostica.ru/ (дата обращения: 11.05.2022).

27. Компания «Диалат Лтд.» [Электронный ресурс]. – URL: http://dialat.ru/ (дата обращения: 11.05.2022).