Словарева Ольга Юрьевна, младший научный сотрудник лаборатории бактериологии и анализа ГМО ИЛЦ ФГБУ «ВНИИКР»
р. п. Быково, г. Раменское, Московская область
Olga Slovareva, Junior Researcher, Bacteriology and GMO Analysis Laboratory, Laboratory Testing Center
Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast
Старикова Елизавета Валентиновна, младший научный сотрудник лаборатории биоинформатики; агроном лаборатории вирусологии ИЛЦ
р. п. Быково, г. Раменское, Московская область
г. Москва
Elizaveta Starikova, Junior Researcher, Bioinformatics Laboratory; Agronomist, Virology Laboratory, Laboratory Testing Center
Moscow
Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast
Мувинги Муфаро, аспирант
г. Москва
Mufaro Muvingi, postgraduate student
Moscow
С целью разработки ПЦР-тестов, позволяющих идентифицировать значимый для экспорта российской зерновой продукции фитопатоген Xanthomonas translucens, был произведен поиск подходящей ПЦР-мишени. В результате биоинформатического анализа аннотированных белков, соответствующих кодирующим последовательностям 10 геномных сборок целевой бактерии – Xanthomonas translucens – и 161 геномной сборки 25 других видов бактерий рода Xanthomonas, загруженным из NCBI GenBank в марте 2020 г., обнаружили 6 участков генома, специфичных для Xanthomonas translucens и подходящих для использования в качестве ПЦР-мишени. Нуклеотидные последовательности этих генов использовали для разработки праймеров. Для найденных последовательностей разработано 12 пар праймеров – 1F8/1R8, 1F10/1R10, 2F6/2R6, 3F3/3R3, 3F5/3R5, 3F9/3R9, 4F1/4R1, 4F3/4R3, 5F3/5R3, 5F6/5R6, 6F6/6R6 и 6F10/6R10, видоспецифичность которых в ходе исследования апробирована с 35 штаммами бактерий рода Xanthomonas, включая Xanthomonas translucens. Анализ результатов проведенной ПЦР и выравнивания полученных нуклеотидных последовательностей продуктов ПЦР с помощью алгоритма BLAST на базе NCBI показал, что пары праймеров 1F8/1R8, 1F10/1R10, 4F1/4R1, 5F6/5R6 и 6F10/6R10 являются пригодными для их применения в диагностике возбудителя черного бактериоза зерновых культур Xanthomonas translucens. Новые ПЦР-тесты могут стать частью решения проблемы установления фитосанитарного состояния партий российской продукции зерна, а также позволят проводить обследование территорий Российской Федерации и досмотр партий подкарантинной продукции.
In order to develop PCR tests that allow identifying the phytopathogen Xanthomonas translucens, which is significant for the export of Russian grain products, a search was made for a suitable PCR target. As a result of bioinformatic analysis of annotated proteins corresponding to the coding sequences of 10 genomic assemblies of the target bacterium – Xanthomonas translucens – and 161 genomic assemblies of 25 other species of bacteria of the genus Xanthomonas, downloaded from NCBI GenBank in March 2020, 6 genome regions specific for Xanthomonas translucens and suitable for use as a PCR target. The nucleotide sequences of these genes were used to design primers. For the discovered sequences, 12 pairs of primers were developed – 1F8/1R8, 1F10/1R10, 2F6/2R6, 3F3/3R3, 3F5/3R5, 3F9/3R9, 4F1/4R1, 4F3/4R3, 5F3/5R3, 5F6/5R6, 6F6/6R6 and 6F10/6R10, the species-specificity of which was tested in the course of the study with 35 strains of bacteria of the genus Xanthomonas, including Xanthomonas translucens. Analysis of the results of the PCR performed and the alignment of the obtained nucleotide sequences of the PCR products using the BLAST algorithm based on the NCBI showed that the primer pairs 1F8/1R8, 1F10/1R10, 4F1/4R1, 5F6/5R6, and 6F10/6R10 are suitable for their use in the diagnosis of the pathogen causing bacterial leaf streak of wheat, Xanthomonas translucens. New PCR tests can become part of the solution to the problem of establishing the phytosanitary state of consignments of Russian grain products, and will also make it possible to inspect the territories of the Russian Federation and inspect consignments of regulated products.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.