phytosanitaryФитосанитария. Карантин растенийPlant Health and Quarantine2782-327X10.69536/FKR.2025.46.28.005phytosanitary-214Research ArticleИДЕНТИФИКАЦИЯIDENTIFICATIONХарактеристика штамма VNIIKR-B-0035 Erwinia rhapontici, выделенного из ячменя обыкновенного (Hordeum vulgare L.Characteristics of the strain VNIIKR-B-0035 Erwinia rhapontici isolated from common barley (Hordeum vulgare L.)https://orcid.org/0000-0001-6022-5955СловареваО. Ю.SlovarevaO. Yu.

Словарева Ольга Юрьевна, старший научный сотрудник – начальник научно-методического отдела бактериологии; доцент базовой кафедры фитосанитарной биологии и безопасности экосистем института экологии

пгт Быково, м. о. Раменский, Московская обл., 140150

г. Москва, 117198

Olga Slovareva, Senior Researcher – Head of Research and Methodology Department of Bacteriology; Associate Professor of the Basic Department of Phytosanitary Biology and Ecosystem Safety

Bykovo, Ramwnskoye, Moscow Oblast, 140150

slovareva.olga@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0006-9266-7073АвдеевИ. С.AvdeevI. S.

Авдеев Иван Сергеевич, младший научный сотрудник научно-методического отдела бактериологии

пгт Быково, м. о. Раменский, Московская обл., 140150

г. Москва, 117198

Ivan Avdeev, Junior Researcher, Research and Methodology Department of Bacteriology; student at the Institute of Ecology

Bykovo, Ramwnskoye, Moscow Oblast, 140150

avdeevfey@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3295-8080ЯремкоА. Б.YaremkoA. B.

Яремко Анастасия Богдановна, младший научный сотрудник центра коллективного пользования «Молекулярная генетика»

пгт Быково, м. о. Раменский, Московская обл., 140150

Anastasia Yaremko, Junior Researcher, Center for Collective Use "Molecular Genetics"

Bykovo, Ramwnskoye, Moscow Oblast, 140150

an_ya94@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0007-1308-8645ПанченкоК. В.PanchenkoK. V.

Панченко Ксения Владимировна, младший научный сотрудник научно-методическогоотдела бактериологии

пгт Быково, м. о. Раменский, Московская обл., 140150

Ksenia Panchenko, Junior Rese archer, Research and Methodology Department of Bacteriology

Bykovo, Ramwnskoye, Moscow Oblast, 140150

ksushik96@mail.ruФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»); Российский университет дружбы народов (РУДН)РоссияAll-Russian Plant Quarantine Center (FGBU “VNIIKR”); Peoples' Friendship University of Russia (RUDN University)Russian FederationФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»)РоссияAll-Russian Plant Quarantine Center (FGBU “VNIIKR”)Russian Federation202524112025044453Copyright © Словарева О.Ю., Авдеев И.С., Яремко А.Б., Панченко К.В., 20252025Словарева О.Ю., Авдеев И.С., Яремко А.Б., Панченко К.В.Slovareva O.Y., Avdeev I.S., Yaremko A.B., Panchenko K.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://phytosanitary.vniikr.ru/jour/article/view/214

Erwinia rhapontici (Millard 1924) Burkholder 1948 – это фитопатогенная бактерия, вызываю- щая розовый бактериоз зерна у зерновых и зернобобовых культур, а также различные виды гнилей и другие симптомы у широкого перечня ценных сельскохозяйственных растений, и для полного понимания патогенного потенциала этой бактерии необходимо детально изучить максимально возможное число штаммов. Целью данной работы является создание комплексной характеристики бактериального штамма VNIIKRB-0035 E. rhapontici, выделенного из ячменя обыкновенного озимого (Hordeum vulgare L.), происхождение – Республика Крым. В работе представлены его морфологические свойства, которые были изучены с помощью микроскопии клеток, а также фотографии колоний бактериальных культур на питательной среде R2A. Клетки данного штамма палочковидной формы, их размер 0,8–1,5 мкм в длину, 0,2–0,4 мкм в ширину. Бактериальные колонии штамма VNIIKR-B-0035 на среде R2A – беловатого цвета, слизистые, однородные, имеют круглую выпуклую форму, гладкую и блестящую поверхность, непрозрачны, а выработка водорастворимых пигментов отсутствует. Биохимические особенности были изучены набором для идентификации Enterobacteriaceae и физиологических сходных бактерий API 20E (Biomerieux, Франция). Бактерии этого штамма способны сбраживать многие виды сахаров, восстанавливают нитриты, не продуцируют аргининдигидролазу, лизиндекарбоксилазу, орнитиндекарбоксилазу, уреазу, индол, ацетоин, желатиназу и HS, а также не 2 способны утилизировать цитраты. Молекулярно- генетическая характеристика проведена с использованием четырех ПЦР-тестов на различные гены, специфичных для данной фитопатогенной бактерии. Штамм VNIIKR-B-0035 идентифицирован с использованием ПЦР-тестов с праймерами TSU01/TSU02, ERH-1A/ERH-1B и isoRF/isoRR, а также путем секвенирования участка гена rpoD. Это первая молекулярно-генетическая иденти- фикация E. rhapontici в России. Эта работа подтвердила, что ячмень обыкновенный (Hordeum vulgare L.) может служить источником изоляции E. rhapontici.

Erwinia rhapontici (Millard 1924) Burkholder 1948 is a phytopathogenic bacterium that causes pink grain of cereals and legumes, as well as various types of rot and other symptoms in a wide range of valuable agricultural plants, and to fully understand the pathogenic potential of this bacterium, it is necessary to study in detail as many strains as possible. The aim of this work is to create a comprehensive characterization of the bacterial strain VNIIKR-B-0035 E. rhapontici, isolated from common winter barley (Hordeum vulgare L.), origin – Republic of Crimea. The paper presents its morphology studied using cell microscopy, as well as photographs of bacterial colonies cultured on R2A nutrient medium. The cells of this strain are rod-shaped, measuring 0.8–1.5 μm long and 0.2–0.4 μm wide. Bacterial colonies of strain VNIIKR-B-0035 on R2A medium are whitish, slimy, and uniform. They have a round, convex shape, a smooth, shiny surface, and are opaque. They do not produce water-soluble pigments. Biochemical characteristics were studied using the API 20E kit for the identification of Enterobacteriaceae and physiologically similar bacteria (Biomerieux, France). Bacteria of this strain are capable of fermenting many types of sugars, reduce nitrites, do not produce arginine dihydrolase, lysine decarboxylase, ornithine decarboxylase, urease, indole, acetoin, gelatinase and H2S, and are also unable to utilize citrates. Molecular genetic characterization was conducted using four PCR tests for various genes specific to this phytopathogenic bacterium. Strain VNIIKR-B-0035 was identified using PCR tests with primers TSU01/TSU02, ERH-1A/ERH-1B, and isoRF/isoRR, as well as by sequencing a portion of the rpoD gene. This is the first molecular genetic identification of E. rhapontici in Russia. This study confirmed that common barley (Hordeum vulgare L.) can serve as a source of E. rhapontici isolation.

Коллекциябактериибактериоз зерновыхидентификацияrpoDрозовый бактериозПЦРзащита растенийкарантин растенийCollectionbacteriacereal bacteriosisidentificationrpoDpink grain of cerealsPCRplant protectionplant quarantineРабота выполнена в рамках государственного задания, регистрационный номер ЕГИСУ НИОКТР 124022800050-6The work was carried out within the framework of a state assignment, registration number EGISU R&D 124022800050-6.ReferencesБелкин Д.Л., Бондаренко Г.Н., Яремко А.Б., Уварова Д.А. Метод секвенирования в видовой идентификации карантинных вредных организмов // Карантин растений. Наука и практика. 2019. Т. 28. № 2. С. 31–34.Belkin D.L., Bondarenko G.N., Yaremko A.B., Uvarova D.A. Sequencing method in species identification of quarantine pests [Metod sekvenirovaniya v vidovoy identifikatsii karantinnykh vrednykh organizmov] // Plant Health. Research and Practice. 2019; 28 (2): 31–34.Мазурин Е.С., Копина М.Б., Шероколава Н.А. Контроль достоверности результатов фитосанитарной экспертизы при использовании молекулярных методов диагностики // Вестник РУДН. Серия: Агрономия и животноводство. 2012. № 3. С. 31–37.Mazurin E.S., Kopina M.B., Sherokolava N.A. Control of the reliability of the results of phytosanitary examination using molecular diagnostic methods [Kontrol dostovernosti rezultatov fitosanitarnoy ekspertizy pri ispolzovanii molekulyarnykh metodov diagnostiki] // Bulletin of RUDN. Series: Agronomy and Animal Husbandry. 2012; 3: 31–37. (In Russ.)Никитинский Д.А., Никитинская Е.В. Молекулярно-генетические методы, применяемые для детекции карантинных объектов. Инновации, вызовы и перспективы. Фитосанитария. Карантин растений. 2025;(3):85-107. https://doi.org/10.69536/FKR.2025.67.86.006.Nikitinsky D.A., Nikitinskaya E.V. Molecular genetic methods used for detection of quarantine objects. Innovations, challenges and prospects. Plant He a l th and Q uarantine. 20 2 5; ( 3 ): 85 –107. https://doi.org/10.69536/FKR.2025.67.86.006.Dutrecq A., Debras P., Stevaux J., Klaessens D. Estimation of bacterial flora on scalded wheat heads // Parasitica. 1990. T. 2-3. No. 46. P. 69–84.Dutrecq A., Debras P., Stevaux J., Klaessens D. Estimation of bacterial flora on scalded wheat heads // Parasitica. 1990. T. 2-3. No. 46. P. 69–84.Gehring I., Geider K. Identification of Erwinia species isolated from apples and pears by differential PCR. // Journal of Microbiological Methods. 2012. Vol. 89. No. 1. P. 57–62. doi: 10.1016/j.mimet.2012.01.018.Gehring I., Geider K. Identification of Erwinia species isolated from apples and pears by differential PCR. // Journal of Microbiological Methods. 2012. Vol. 89. No. 1. P. 57-62. doi: 10.1016/j.mimet.2012.01.018.Genebank project, NARO. Details of microorganism genetic resources. Details of MAFF 150529. URL: ttps://w w w.gene.affrc.go.jp/databasesmi crosearch_detail_en.php?maff=150529.Genebank project, NARO. Details of microorganism genetic resources. Details of MAFF 150529. URL: https://www.gene.affrc.go.jp/databasesmicro_search_detail_en.php?maff=150529.Huang H. C., Erickson R. S., Hsieh T. F. Lack of host specificity of strains of Erwinia rhapontici, causal agent of pink seed of pulse and cereal crops // Botanical Studies. 2007. Vol. 48. No. 2. P. 181–186.Huang H. C., Erickson R. S., Hsieh T. F. Lack of host specificity of strains of Erwinia rhapontici, causal agent of pink seed of pulse and cereal crops // Botanical Studies. 2007. Vol. 48. No. 2. P. 181–186.Kahala M., Blasco L., Joutsjoki V. Molecular characterization of spoilage bacteria as a means to observe the microbiological quality of carrot // Journal of Food Protection. 2012. Vol. 75. No. 3. P. 523–532. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-11-185.Kahala M., Blasco L., Joutsjoki V. Molecular characterization of spoilage bacteria as a means to observe the microbiological quality of carrot // Journal of Food Protection. 2012. Vol. 75. No. 3. P. 523-532. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-11-185.Kotan R., Sahin F., Ala A. Identification and pathogenicity of bacteria isolated from pome fruit trees in the Eastern Anatolia region of Turkey // Journal of Plant Diseases and Protection. 2006. Vol. 113. No. 1. P. 8–13.Kotan R., Sahin F., Ala A. Identification and pathogenicity of bacteria isolated from pome fruit trees in the Eastern Anatolia region of Turkey // Journal of Plant Diseases and Protection. 2006. Vol. 113. No. 1. P. 8–13.Muvingi M., Slovareva O.Y., Yaremko A.B., Zargar M., Lyashko, M., Pakina E., Vvedenskiy V. Variations of the Bacterial Community in Wheat (Triticum aestivum), Oats (Avena sativa L.), Barley (Hordeum vulgare L.) and Triticale (Triticosecale) from Three Regions of the Republic of Crimea // Preprints. 2023. doi: 10.20944/preprints202307.1559.v1.Muvingi M., Slovareva O.Y., Yaremko A.B., Zargar M., Lyashko, M., Pakina E., Vvedenskiy V. Variations of the Bacterial Community in Wheat (Triticum aestivum), Oats (Avena sativa L.), Barley (Hordeum vulgare L.) and Triticale (Triticosecale) from Three Regions of the Republic of Crimea // Preprints. 2023. doi: 10.20944/preprints202307.1559.v1.Naas T., Aubert D., Vimont S., Nordmann P. Identification of a chromosome-borne class C betalactamase from Erwinia rhapontici // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2004. Vol. 54. No. 5. P. 932–935. doi: 10.1093/jac/dkh446.Naas T., Aubert D., Vimont S., Nordmann P. Identification of a chromosome-borne class C betalactamase from Erwinia rhapontici // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2004. Vol. 54. No. 5. P. 932–935. doi: 10.1093/jac/dkh446.Ramírez-Rojas S., Osuna-Canizalez F.J., García-Pérez F., Canul-Ku J., Palacios-Talavera A., Hernández-Romano J., Ornelas-Ocampo K., Landa-Salgado P. Molecular identification of bacteria associated to ornamental plants obtained in vitro // Revista Mexicana de Fitopatología. 2016. Vol. 34. No. 2. P. 173–183. doi: 10.18781/R.MEX.FIT.1511-3.Ramírez-Rojas S., Osuna-Canizalez F.J., García-Pérez F., Canul-Ku J., Palacios-Talavera A., Hernández-Romano J., Ornelas-Ocampo K., Landa-Salgado P. Molecular identification of bacteria associated to ornamental plants obtained in vitro // Revista Mexicana de Fitopatología. 2016. Vol. 34. No. 2. P. 173–183. doi: 10.18781/R.MEX.FIT.1511-3.Reasoner D.J., Geldreich E.E., 1985. A new medium for the enumeration and subculture of bacteria from potable water. Applied and Environmental Microbiology. 1985. Vol. 49. No. 1. P. 1–7. doi: 10.1128/aem.49.1.1-7.1985.Reasoner D.J., Geldreich E.E., 1985. A new medium for the enumeration and subculture of bacteria from potable water. Applied and Environmental Microbiology. 1985. Vol. 49. No. 1. P. 1–7. doi: 10.1128/aem.49.1.1-7.1985.Schober I., Koblitz J., Carbasse J.S., Ebeling C., Schmidt M.L., Podstawka A., Gupta R., Ilangovan V., Chamanara J., Overmann J., Reimer L.C., BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data, Nucleic Acids Research, 2025. Vol. 53. Issue D1. P. D748–D756. doi: 10.1093/nar/gkae959.Schober I., Koblitz J., Carbasse J.S., Ebeling C., Schmidt M.L., Podstawka A., Gupta R., Ilangovan V., Chamanara J., Overmann J., Reimer L.C., BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data, Nucleic Acids Research, 2025. Vol. 53. Issue D1. P. D748–D756. doi: 10.1093/nar/gkae959.Thapa S. P. Cho S. Y., Hur J. H., Lim C. K. Phenotypic and genetic characterization of Erwinia rhapontici isolated from diseased Asian pear fruit trees // Phytoparasitica. 2012. Vol. 40. No. 5. P. 507-514. doi: 10.1007/s12600-012-0251-3.Thapa S. P. Cho S. Y., Hur J. H., Lim C. K. Phenotypic and genetic characterization of Erwinia rhapontici isolated from diseased Asian pear fruit trees // Phytoparasitica. 2012. Vol. 40. No. 5. P. 507-514. doi: 10.1007/s12600-012-0251-3.Tharreau D., Gaignard J. L., Luisetti J., Gibbon C. B. Presence d'une microflore bacterienne abondante et variee a la surface de trois plantes aromatiques et medicinales. Herba Gallica., 1992. No. 2. 79–89.Tharreau D., Gaignard J. L., Luisetti J., Gibbon C. B. Presence d'une microflore bacterienne abondante et variee a la surface de trois plantes aromatiques et medicinales. Herba Gallica., 1992. No. 2. 79–89.Tsuji M., Kadota I., Takikawa Y. Genetic and phenotypic characterization of bacterial strains isolated in Japan that resemble Erwinia rhapontici and E. persicinus // Journal of General Plant Pathoogy. 2020. Vol. 86. No. 1. P. 24–33. doi: 10.1007/s10327-019-00873-7.Tsuji M., Kadota I., Takikawa Y. Genetic and phenotypic characterization of bacterial strains isolated in Japan that resemble Erwinia rhapontici and E. persicinus // Journal of General Plant Pathoogy. 2020. Vol. 86. No. 1. P. 24–33. doi: 10.1007/s10327-019-00873-7.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.