phytosanitaryФитосанитария. Карантин растенийPlant Health and Quarantine2782-327X10.69536/FKR.2025.68.86.001phytosanitary-185Research ArticleДИАГНОСТИКАDIAGNOSTICSГенетические особенности изолятов вируса коричневой морщинистости плодов томата (ToBRFV), распространенных в Российской Федерации и сопредельных странахGenetic characteristics of Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) isolates in the Russian Federation and neighboring countriesЛозоваяЕ. Н.LozovayaE. N.

Лозовая Евгения Николаевна, научный сотрудник отдела аспирантуры

р. п. Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150

Evgeniya Lozovaya, Researcher, Postgraduate Department

Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast, 140150

evgeniyaf@mail.ruЖиваеваТ. С.ZhivaevaT. S.

Живаева Татьяна Степановна, научный сотрудник научно-методического отдела вирусологии

р. п. Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150

Tatiana Zhivaeva, Researcher, Research and Methodology Department of Virology

Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast, 140150

zhivaeva.vniikr@mail.ruПриходькоЮ. Н.PrikhodkoYu. N.

Приходько Юрий Николаевич, кандидат сельскохозяйственных наук, ведущий научный сотрудник научно-методического отдела вирусологии

р. п. Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150

Yuri Prikhodko, PhD in Agriculture, Leading Researcher, Research and Methodology Department of Virology

Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast, 140150

prihodko_yuri59@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7565-1241ШнейдерЮ. А.ShneyderYu. A.

Шнейдер Юрий Андреевич, кандидат биологических наук, начальник научно-методического отдела вирусологии, ведущий научный сотрудник 

р. п. Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150

Yuri Shneyder, PhD in Biology, Leading Researcher, Head of Research and Methodology Department of Virology,

Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast, 140150

yury.shneyder@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9014-4179БашкироваИ. Г.BashkirovaI. G.

Башкирова Ида Геннадьевна, кандидат биологических наук, научный сотрудник научно-методического отдела вирусологии

р. п. Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150

Ida Bashkirova, PhD in Biology, Researcher, Research and  Methodology Department of Virology

Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast, 140150

bashkirovaid@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6474-8913КаримоваЕ. В.KarimovaE. V.

Каримова Елена Владимировна, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, начальник научно-методического отдела вирусологии и бактериологии

р. п. Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150

Elena Karimova, PhD in Biology, Senior Researcher, Head of Research and Methodology Department of Virology and Bacteriology

Bykovo, Ramenskoye, Moscow Oblast, 140150

elenavkar@mail.ruФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»)РоссияFGBU “All-Russian Plant Quarantine Center” (FGBU “VNIIKR”)Russian Federation20250303202501214Copyright © Лозовая Е.Н., Живаева Т.С., Приходько Ю.Н., Шнейдер Ю.А., Башкирова И.Г., Каримова Е.В., 20252025Лозовая Е.Н., Живаева Т.С., Приходько Ю.Н., Шнейдер Ю.А., Башкирова И.Г., Каримова Е.В.Lozovaya E.N., Zhivaeva T.S., Prikhodko Y.N., Shneyder Y.A., Bashkirova I.G., Karimova E.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://phytosanitary.vniikr.ru/jour/article/view/185

Вирус коричневой морщинистости плодов томата (Tomato brown rugose fruit virus, или Tobamovirus fructirugosum, ToBRFV) является карантинным объектом ЕАЭС, ЕОКЗР и целого ряда стран мира. Вирус заражает томат, перец и несколько видов сорных растений. Потери урожая плодов томата в результате заражения ToBRFV могут достигать 70%. Из-за развития интенсивной некротизации и деформации плоды зараженных растений становятся непригодными для продажи.

Вирус коричневой морщинистости плодов томата характеризуется многообразием путей распространения и способен длительное время сохраняться в растительных остатках, почве, воде, растворах для гидропоники и на различных инертных поверхностях. Важное значение в распространении вируса коричневой морщинистости плодов томата имеет семенная инфекция.

В соответствии с национальным докладом в Российской Федерации вирус коричневой морщинистости плодов томата впервые был выявлен в 2023 г., что обусловило необходимость установления 5 карантинных фитосанитарных зон в 4 субъектах Российской Федерации. В 2024 г. наблюдалось дальнейшее расширение его ареала.

Важнейшей предпосылкой для предотвращения распространения фитопатогенных вирусов является установление источников их инфекции, что может быть достигнуто сравнением последовательности нуклеотидов у выявленных изолятов и изолятов данного патогена различного географического происхождения.

В настоящей статье приведены результаты изучения генетических особенностей изолятов вируса коричневой морщинистости плодов томата, выявленных в Ставропольском крае, Волгоградской и Московской областях, Республике Казахстан и Республике Узбекистан.

Tomato brown rugose fruit virus or Tobamovirus fructirugosum (ToBRFV) is a quarantine pest of the EAEU, EPPO and some other countries. The virus affects tomatoes, peppers and several weed species. Yield losses of tomato fruits as a result of infection with ToBRFV can reach 70%. Due to the development of intensive necrosis and deformation, the fruits of infected plants become unmarketable.

ToBRFV is characterized by a variety of pathways and is capable of remaining for a long time in plant residues, soil, water, hydroponic solutions and on various inert surfaces. Seed infection is of great importance in the spread of ToBRFV.

According to the national report, ToBRFV was first detected in the Russian Federation in 2023, which accounted for 5 quarantine phytosanitary areas in 4 constituent entities of the Russian Federation. In 2024, a further expansion of its area was observed.

The most important prerequisite for preventing the spread of phytopathogenic viruses is the identification of their infection sources, which can be achieved by comparing the nucleotide sequence of the identified isolates and isolates of a given pathogen of different geographic origins.

This article presents the results of a study of the genetic characteristics of the ToBRFV isolates identified in Stavropol Krai, Volgograd Oblast and Moscow Oblast, the Republic of Kazakhstan and the Republic of Uzbekistan.

Молекулярная диагностикаполимеразная цепная реакцияпраймерсеквенированиефилогенетический анализMolecular diagnosispolymerase chain reactionprimersequencingphylogenetic analysisReferencesКаримова Е.В., Шнейдер Ю.А. Вирус коричневой морщинистости плодов томата – потенциальная угроза для производства томатов и перца. Фитосанитария. Карантин растений. 2020a;(3):6-16. https://doi.org/10.69536/FKR.2020.97.40.001.Karimova E.V., Shneyder Y.A. Tomato brown rugose fruit virus is a potential threat for the tomato and pepper industry. Plant Health and Quarantine. 2020a;(3):6-16. https://doi.org/10.69536/FKR.2020.97.40.001Каримова Е.В., Шнейдер Ю.А. Вирус коричневой морщинистости плодов томата - потенциально опасный патоген для Российской Федерации и других стран ЕАЭС. Защита и карантин растений. 2020b. № 9. С. 38–41.Karimova E.V., Shneyder Y.A. Tomato brown rugose fruit virus is a potential pathogen for the Russian Federation and other EAEU countries. Plant Health and Quarantine. 2020b; (9): 38–41.Лозовая Е.Н., Приходько Ю.Н., Живаева Т.С., Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В. Диагностика вирусов рода Tobamovirus, заражающих пасленовые овощные культуры. Фитосанитария. Карантин растений. 2022;(2):39-49. https://doi.org/10.69536/p4517-2518-6750-w.Lozovaya E.N., Prikhodko Yu.N., Zhivaeva T.S., Shneyder Yu.A., Karimova E.V. Diagnosis of Tobamovirus genus viruses infecting Solanaceae. Plant Health and Quarantine. 2022;(2):39-49. https://doi.org/10.69536/p4517-2518-6750-w.МСФМ 32, Международные стандарты по фитосанитарным мерам №32 «Категоризация товаров в соответствии с представляемым ими фитосанитарным риском», 2009 г., 19 с.ISPM 32, International Standards for Phytosanitary Measures No. 32 “Categorization of Commodities According to Pest Risk”, 2009, 19 p.Национальный доклад о карантинном фитосанитарном состоянии территории Российской Федерации в 2023 году. Фитосанитария. Карантин растений. 2024;(2):2-16.Тhe National Report on Quarantine and Phytosanitary Status of the Territory of the Russian Federation in 2023. Plant Health and Quarantine. 2024; (2):2-16.Национальный доклад о карантинном фитосанитарном состоянии территории Российской Федерации в 2024 году. Фитосанитария. Карантин растений. 2025;(2). (в печати).Тhe National Report on Quarantine and Phytosanitary Status of the Territory of the Russian Federation in 2023. Plant Health and Quarantine. 2025;(2). (in press).Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В., Приходько Ю.Н., Лозовая Е.Н., Живаева Т.С. Вирусы томата, особо опасные для овощеводства России Картофель и овощи. 2021. № 6. С. 3–8.Shneyder Yu.A., Karimova E.V., Prikhodko Yu.N., Lozovaya E.N., Zhivaeva T.S. Tomato viruses especially dangerous for vegetable growing of Russia. Potato and vegetables. 2021; (6): 3–8. (In Russ.)Alkowni R., Alabdallah O., Fadda Z. Molecular identification of Tomato brown rugose fruit virus in tomato in Palestine// Journal of Plant Pathology. 2019. Vol. 101(3). P.719-723. DOI:10.1007/s42161-019-00240-7.Alkowni R., Alabdallah O., Fadda Z. Molecular identification of Tomato brown rugose fruit virus in tomato in Palestine// Journal of Plant Pathology. 2019. Vol. 101(3). P.719-723. DOI:10.1007/s42161-019-00240-7.Davino S., Caruso A.G., Bertacca S., Barone S., Panno S. Tomato brown rugose fruit virus: seed transmission rate and efficacy of different seed disinfection treatments// Plants. 2020. 9(11):1615. https://doi.org/10.3390/plants9111615.Davino S., Caruso A.G., Bertacca S., Barone S., Panno S. Tomato brown rugose fruit virus: seed transmission rate and efficacy of different seed disinfection treatments// Plants. 2020. 9(11):1615. https://doi.org/10.3390/plants9111615.Dovas C.I., Efthimiou K., Katis N.I. Generic detection and differentiation of tobamoviruses by a spot nested RT-PCR-RFLP using dI-containing primers along with homologous dG-containing primers// Journal of Virological Methods. 2004. Vol.117. P.137–144. DOI: 10.1016/j.jviromet.2004.01.004.Dovas C.I., Efthimiou K., Katis N.I. Generic detection and differentiation of tobamoviruses by a spot nested RT-PCR-RFLP using dI-containing primers along with homologous dG-containing primers// Journal of Virological Methods. 2004. Vol.117. P.137–144. DOI: 10.1016/j.jviromet.2004.01.004.EPPO, 2022. PM 7/146(2) Tomato brown rugose fruit virus/ EPPO Standard on Diagnostics// EPPO Bulletin. 2022. Vol. 52. P. 665–692.EPPO, 2022. PM 7/146(2) Tomato brown rugose fruit virus/ EPPO Standard on Diagnostics// EPPO Bulletin. 2022. Vol. 52. P. 665–692.EPPO, 2025. Tobamovirus fructirugosum. EPPO datasheets on pests recommended for regulation. https://gd.eppo.int (accessed 2025-01-28).EPPO, 2025. Tobamovirus fructirugosum. EPPO datasheets on pests recommended for regulation. https://gd.eppo.int (accessed 2025-01-28).Hall, T.A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser. 41:95-98.Hall, T.A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser. 41:95-98.Levitzky N., Smith E., Lachman O., Luria N., Mizrahi Y., Bakelman H., Sela N., Laskar O., Milrot E., Dombrovsky A. The bumblebee Bombus terrestris carries a primary inoculum of Tomato brown rugose fruit virus contributing to disease spread in tomatoes// PLoS ONE. 2019. Vol. 14(1): e0210871. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0210871.Levitzky N., Smith E., Lachman O., Luria N., Mizrahi Y., Bakelman H., Sela N., Laskar O., Milrot E., Dombrovsky A. The bumblebee Bombus terrestris carries a primary inoculum of Tomato brown rugose fruit virus contributing to disease spread in tomatoes// PLoS ONE. 2019. Vol. 14(1): e0210871. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0210871.Luria N., Smith E., Reingold V., Bekelman I., Lapidot M. A new Israeli Tobamovirus isolate infects tomato plants harboring Tm-22 resistance genes// PLOS ONE. 2017. 12(1): e0170429. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170429.Luria N., Smith E., Reingold V., Bekelman I., Lapidot M. A new Israeli Tobamovirus isolate infects tomato plants harboring Tm-22 resistance genes// PLOS ONE. 2017. 12(1): e0170429. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170429.Panno S., Caruso A.G., Barone S., Lo Bosco G., Rangel E.A., Davino S. Spread of Tomato brown rugose fruit virus in Sicily and evaluation of the spatiotemporal dispersion in experimental conditions// Agronomy. 2020. 10(6):834. https://doi.org/10.3390/agronomy10060834.Panno S., Caruso A.G., Barone S., Lo Bosco G., Rangel E.A., Davino S. Spread of Tomato brown rugose fruit virus in Sicily and evaluation of the spatiotemporal dispersion in experimental conditions// Agronomy. 2020. 10(6):834. https://doi.org/10.3390/ agronomy10060834.Salem N., Mansour A., Ciuffo M., Falk B.W., Turina M. A new tobamovirus infecting tomato crops in Jordan// Archives of Virology. 2016. Vol.161 (2). P. 503–506. DOI: 10.1007/s00705-015-2677-7.Salem N., Mansour A., Ciuffo M., Falk B.W., Turina M. A new tobamovirus infecting tomato crops in Jordan// Archives of Virology. 2016. Vol.161 (2). P. 503–506. DOI: 10.1007/s00705-015-2677-7.Salem N.M., Jewehan A., Aranda M.A., Fox A. Tomato Brown Rugose Fruit Virus Pandemic// Annu. Rev. Phytopathol. 2023. Vol.61. P.137-164. https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-021622-120703.Salem N.M., Jewehan A., Aranda M.A., Fox A. Tomato Brown Rugose Fruit Virus Pandemic// Annu. Rev. Phytopathol. 2023. Vol.61. P.137-164. https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-021622-120703.Salem N.M., Sulaiman A., Samarah N., Turina M., Vallino M. Localization and mechanical transmission of Tomato brown rugose fruit virus in tomato seeds// Plant Disease. 2022. Vol.106 (1). P.275-281. https://doi.org/10.1094/PDIS-11-20-2413-RESalem N.M., Sulaiman A., Samarah N., Turina M., Vallino M. Localization and mechanical transmission of Tomato brown rugose fruit virus in tomato seeds// Plant Disease. 2022. Vol.106 (1). P. 275-281. https://doi.org/10.1094/PDIS-11-20-2413-RE.Shneyder Y., Karimova E., Zhivaeva T., Lozovaya E., Bashkirova I., Prikhodko Y. Comparison of express-diagnostic kit and PCR tests for detection of Tomato brown rugose fruit virus Acta Horticulturae. 2022. Т. 1351. С. 113–118.Shneyder Y., Karimova E., Zhivaeva T., Lozovaya E., Bashkirova I., Prikhodko Y. Comparison of express-diagnostic kit and PCR tests for detection of Tomato brown rugose fruit virus Acta Horticulturae. 2022. Т. 1351. С. 113–118.Tamura K., Stecher G., and Kumar S. (2021) MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11. Molecular Biology and Evolution38:3022-3027.Tamura K., Stecher G., and Kumar S. (2021) MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11. Molecular Biology and Evolution 38:3022-3027.https://fsvps.gov.ru/files/otkrytye-dannyeperechen-karantinnyh-fitosanitarnyh-zon-skachatnabor-v-csv-i-v-xlsx/ (дата обращения: 09.01.2025 г.)https://fsvps.gov.ru/files/otkrytye-dannyeperechen-karantinnyh-fitosanitarnyh-zon-skachatnabor-v-csv-i-v-xlsx/ (last accessed: 09.01.2025 г.)https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=GlobalAln (дата обращения: 10.01.2025 г.)https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=GlobalAln (last accessed: 10.01.2025 г.)https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/07/09/blast-2-12-0/ (дата обращения: 15.01.2025 г.).https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/07/09/blast-2-12-0/ (last accessed: 15.01.2025 г.).

The authors declare that there are no conflicts of interest present.