phytosanitaryФитосанитария. Карантин растенийPlant Health and Quarantine2782-327X10.69536/d2760-4051-0503-zphytosanitary-148Research ArticleДИАГНОСТИКАDIAGNOSTICSИзоляция возбудителя бурой бактериальной гнили влагалища листа злаковых культур Pseudomonas fuscovaginae из семянIsolation of sheath brown rot pathogen Pseudomonas fuscovaginae from seedsДесятерикА. А.DesyaterikA. A.

Десятерик Анастасия Андреевна, младший научный сотрудник отдела организации межлабораторных сличительных испытаний,

Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150;

магистрант,

Москва, 127434.

Anastasia Desyaterik, Junior Researcher, Interlabolatory Comparisions Organization Department,

140150, Bykovo, Urban district Ramensky, Moscow Oblast;

Master’s student ,

127434, Moscow.

anastasiya.10.00@mail.ruСловареваО. Ю.SlovarevaO. Yu.

Словарева Ольга Юрьевна, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела организации межлабораторных сличительных испытаний,

Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150.

Olga Slovareva, PhD in Biology, Senior Researcher, Interlabolatory Comparisions Organization Department, 

140150, Bykovo, Urban district Ramensky, Moscow Oblast.

slovareva.olga@gmail.comКононоваЕ. П.KononovaE. P.

Кононова Елена Петровна, агроном лаборатории бактериологии и анализа ГМО ИЛЦ,

Быково, г. о. Раменский, Московская обл., 140150.

Elena Kononova, Agronomist, Bacteriology and GMO Analysis Laboratory, Laboratory Testing Center,

140150, Bykovo, Urban district Ramensky, Moscow Oblast.

catamont@yandex.ruФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»); Российский государственный аграрный университет – МСХА имени К.А. ТимирязеваРоссияFGBU “All-Russian Plant Quarantine Center” (FGBU “VNIIKR”); Russian State Agrarian University – Moscow Timiryazev Agricultural AcademyRussian FederationФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»)РоссияFGBU “All-Russian Plant Quarantine Center” (FGBU “VNIIKR”)Russian Federation202321112023046776Copyright © Десятерик А.А., Словарева О.Ю., Кононова Е.П., 20232023Десятерик А.А., Словарева О.Ю., Кононова Е.П.Desyaterik A.A., Slovareva O.Y., Kononova E.P.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://phytosanitary.vniikr.ru/jour/article/view/148

Бурая бактериальная гниль влагалища листа злаковых культур – бактериальное заболевание, которому подвержены посевы пшеницы, риса, кукурузы и сорго практически во всех регионах, где их выращивают. Возбудителем является бактерия вида Pseudomonas fuscovaginae (ex Tanii, Miyajima and Akita, 1976) Miyajima, Tanii and Akita (1983), имеющая карантинный статус для ряда стран, которые импортируют пшеницу из России. Для того чтобы улучшить процесс диагностики бактерии Pseudomonas fuscovaginae в фитосанитарных лабораториях, требуется разработка метода изоляции культуры из семян пшеницы. В исследовании растительные экстракты пшеницы, полученные в результате пробоподготовки, инокулировали суспензиями P. fuscovaginae в различных концентрациях и высевали на питательную среду R2A. Колонии P. fuscovaginae, выросшие на чашках со средой R2A, тестировали методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ), чтобы установить зависимость порогового цикла от концентрации бактерии в пробе. Установлено, что изоляция P. fuscovaginae возможна в случае содержания в пробе бактерии в концентрации 1 * 104 КОЕ/мл и выше, что соответствует пороговому циклу флуоресценции (Ct) 32,0 на амплификаторе «ДТпрайм 5М6» (ООО «ДНК-Технология», Россия) и (Ct) 31,5 на амплификаторе CFX (Bio-Rad, США) при использовании набора «Pseudomonas fuscovaginae-РВ» (ООО «Синтол», Россия). Посев следует выполнять истощающим способом на среду R2A, используя 20 мкл концентрированной вытяжки семян, и осуществлять поиск колоний P. fuscovaginae спустя 3–7 суток после посева. Эта методика рекомендована для проведения исследований в лабораториях в области фитосанитарии и карантина растений.

Sheath brown rot is a bacterial disease affecting wheat, rice, corn and sorghum in almost all regions where they are grown. The causative agent is a bacterium of the species Pseudomonas fuscovaginae (ex Tanii, Miyajima and Akita, 1976) Miyajima, Tanii and Akita (1983), of quarantine status for some countries importing Russian wheat. To enhance the diagnosis of the bacterium Pseudomonas fuscovaginae in phytosanitary laboratories, the development of a method for isolating a culture from wheat seeds is required. In the study, wheat plant extracts obtained as a result of sample preparation were inoculated with P. fuscovaginae suspensions in various concentrations and sown on R2A nutrient medium. P. fuscovaginae colonies grown on plates with R2A medium were tested by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) to determine the dependence of the threshold cycle on the bacteria concentration in the sample. It was determined that P. fuscovaginae isolation is possible if the sample contains bacteria in concentration 1 * 104 CFU/ml and higher, which corresponds to a threshold fluorescence cycle (Ct) of 32.0 on the DTprime 5M6 cycler (DNA-Technology, Russia) and (Ct) 31.5 on the CFX cycler (Bio-Rad, USA) when using the “Pseudomonas fuscovaginae-RT” kit (Syntol, Russia). Sowing should be done in a depleting manner on R2A medium using 20 µl of concentrated seed extract and searching for colonies P. fuscovaginae 3–7 days after sowing. This technique is recommended for conducting research in laboratories in the field of phytosanitary and plant protection.

Фитосанитариямолекулярно-генетические методыдиагностикаПЦРкультурально-морфологические методыморфология бактериальных колонийпшеницапотенциальный ущерб сельскохозяйственной продукцииPhytosanitarymolecular genetic methodsdiagnosisPCRcultural and morphological methodsmorphology of bacterial colonieswheatpotential damage to agricultural productsReferencesЛавренчук Л.С., Ермошин А.А. Микробиология: практикум. Екатеринбург.: Урал, 2019, 107 с.Lavrenchuk L.S., Ermoshin A.A. Microbiology: practice [Mikrobiologiya: praktikum]. Ekaterinburg: Ural, 2019, 107 p. (In Russ.)Мувинги М., Словарева О.Ю., Заргар М. Идентификация Pseudomonas fuscovaginae, Pseudomonas syringae и Xanthomonas translucens в зерне пшеницы методом ПЦР // Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Агрономия и животноводство. 2022. Т. 17. № 4. C. 473–483.Muvingi M., Slovareva O.Yu., Zargar M. Identification of Pseudomonas fuscovaginae, Pseudomonas syringae and Xanthomonas translucens in wheat grain by PCR method [Identifikatsiya Pseudomonas fuscovaginae, Pseudomonas syringae i Xanthomonas translucens v zerne pshenitsy metodom PTSR] // Bulletin of the Russian Peoples’ Friendship University. Series: Agronomy and animal husbandry. 2022; 17; 4: 473–483. (In Russ.)Федоренко Т.В., Землянская Н.И. Санитарная микробиология. Часть 1. Благовещенск: Дальневосточный ГАУ, 2015, 52 с.Fedorenko T.V., Zemlyanskaya N.I. Sanitary microbiology. Part 1. [Sanitarnaya mikrobiologiya. Chast’ 1] Blagoveshchensk: Far Eastern State Agrarian University, 2015, 52 p. (In Russ.)Федеральная государственная информационная система (ФГИС) «Аргус-Фито» [Электронный ресурс]. URL: https://fsvps.gov.ru/ru/fsvps/foremployees/argusfito/index.html (дата обращения: 27.07.2023).Federal State Information System (FSIS) “Argus-Fito” [Electronic resource].URL: https://fsvps.gov.ru/ru/fsvps/foremployees/argusfito/index.html (lastaccessed: 27.07.2023).Cottyn B. Bacteria associated with rice seed from Philippine farmers’ fields [PhD Thesis]. Los Baños: International Rice Research Institute (IRRI), 2003.Cottyn B. Bacteria associated with rice seed from Philippine farmers’ fields [PhD Thesis]. Los Baños: International Rice Research Institute (IRRI), 2003.González D., Corzo-Lopez M., Márquez O.P., Cruz A., Martínez B., Martínez Y. Characterization and diagnosis of Pseudomonas fuscovaginae Miyajima, Tanii and Akita, causal agent of the Brown Sheath Rot in rice. Biotecnología Aplicada. 2017. Vol. 34. P. 2101–2108.González D., Corzo-Lopez M., Márquez O.P., Cruz A., Martínez B., Martínez Y. Characterization and diagnosis of Pseudomonas fuscovaginae Miyajima, Tanii and Akita, causal agent of the Brown Sheath Rot in rice. Biotecnología Aplicada. 2017. Vol. 34. P. 2101–2108.Jaunet T., Notteghem J., Rapilly F. Pathogenicity process of Pseudomonasfuscovaginae, the causal agent of sheath brown rot of rice. J Phytopathol. 199. Vol. 144 (9–10). P. 425–430.Jaunet T., Notteghem J., Rapilly F. Pathogenicity process of Pseudomonas fuscovaginae, the causal agent of sheath brown rot of rice. J Phytopathol. 199. Vol. 144 (9–10). P. 425–430.Patel H.K., da Silva D.P., Devescovi G., Maraite H., Paszkiewicz K., Studholme D.J., Venturi V. Draft genome sequence of Pseudomonasfuscovaginae, a broadhost-range pathogen of plants // J. Bacteriol. No. 194. 2012. P. 2765–2766.Patel H.K., da Silva D.P., Devescovi G., Maraite H., Paszkiewicz K., Studholme D.J., Venturi V. Draft genome sequence of Pseudomonas fuscovaginae, a broadhost-range pathogen of plants // J. Bacteriol. No. 194. 2012. P. 2765–2766.Razak A.A., Zainudin N.A.I.M., Sidiqe S.N.M., Ismail N.A., Mohamad N.M.I.N., Salleh B. Sheath brown rot disease of rice caused by Pseudomonas fuscovaginae in the Peninsular Malaysia. J. Plant Protect Res. 2009. Vol. 49 (3). P. 244–249.Razak A.A., Zainudin N.A.I.M., Sidiqe S.N.M., Ismail N.A., Mohamad N.M.I.N., Salleh B. Sheath brown rot disease of rice caused by Pseudomonas fuscovaginae in the Peninsular Malaysia. J. Plant Protect Res. 2009. Vol. 49 (3). P. 244–249.Rott P., Honegger J., Notteghem J. Isolation of Pseudomonasfuscovaginae with a semiselective medium (KBS). Int Rice Res Newslett. 1989. Vol. 14 (1). P. 29.Rott P., Honegger J., Notteghem J. Isolation of Pseudomonas fuscovaginae with a semiselective medium (KBS). Int Rice Res Newslett. 1989. Vol. 14 (1). P. 29.Tambong J. Bacterial Pathogens of Wheat: Symptoms, Distribution, Identification, and Taxonomy. In (Ed.), Wheat [Working Title]. 2022. 25 p.Tambong J. Bacterial Pathogens of Wheat: Symptoms, Distribution, Identification, and Taxonomy. In (Ed.), Wheat [Working Title]. 2022. 25 p.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.